对居于主流地位的否定性的后现代主义来说，解构是其根本性策略。例如，利奥塔强调指出，无论是宗教、科学还是由此而来的理性主义传统，均是典型的“宏大叙述”。它们不仅无法真正说明自身的合理性，而且为其合理性而辩护的种种社会机制也处于不断衰落之中。这一“合理性的危机”说明，包括宗教、科学在内的一切历史上具有主宰力量的“宏大叙述”必须自觉走下现代性语境里的神坛。仿照历史上宗教的世俗化进程，即“国家对任何宗教都拒绝给予在资源和经济资源上的垄断权，但同时在国家边界以内保护任何一种宗教忠于其信条的表达权利”，后现代主义者提出，在后现代时代“要求实现科学自身的世俗化”。这样，以解构著称的所谓破坏性的后现代主义就“通过一种反世界观而克服了世界观”的方式，使科学和宗教遭到彻底颠覆。
以格里芬为代表的所谓建设性的后现代主义，希望以倡导“科学返魅”的方式重建科学与宗教的关系。在他看来，无论是后现代科学还是后现代宗教，都应当以怀特海的过程哲学为基础，建立具有后现代意义的科学与宗教的新型关系。一方面，他们要对现代性赖以存在的基础——“自然的祛魅”进行批判；另一方面，他们还要与所谓否定性的后现代主义的虚无主义划清界限。在格里芬看来，“自然的祛魅”，意味着否认自然具有任何主体性、经验和感觉。这是造成现代科学技术不断产生异化的最根本的原因，也是“对现代性进行后现代拒斥”的根本立足点。另一方面，他又建设后现代世界观的任务就在于实现“自然的返魅”。他并不摈弃科学本身而只是摈弃唯科学主义”。也就是说，建设性的后现代主义试图实现“（前现代）宗教”（正题）—“（现代）科学”（反题）—“（后现代）科学+宗教”（合题）这样一个否定之否定的辩证统一。
尽管后现代主义理论并没有在科学与宗教关系问题上形成比较一致的意见，但其理论对重构二者的关系依然不乏启发意义。在历史上，科学与宗教发生关系的模式是十分复杂的，但就其基本关系来说，无外乎美国学者巴伯所概括的对立、无关、对话和整合四种关系。而后现代主义的语境分析和“视域融合”等基本策略有助于深化对上述这四种关系的理解。
第一，语境分析方法是后现代主义者常用的基本策略。他们认为，从表面上看，科学与宗教的关系所讨论的问题是世界观问题，实际上，这完全是“普遍主义”立场的误导。因为对于科学与宗教关系的问题，由于二者都涉及多种多样的可能性而变得更为复杂。一方面，各门自然科学之间有着重要的差别，科学的“普遍本质”应当受到质疑。另一方面，宗教也包括各种完全不同的信仰体系。因此，“唯一方法是考察这种关系如何在具体的语境中表现出来。”科学与宗教的关系问题不应当被看做世界观问题，而应当在文化和意识形态层面加以解决。这样一来，科学与宗教之间的关系问题就转化为只是与特定的文化传统联系在一起的“反映了地域性文化价值的社会建构”。
第二，从摈弃二元对立的思维方式出发，一些后现代主义者从单纯的反思和批判以科学技术为代表的现代性转向寻求解决矛盾的“视域融合”的基本观点。在文化的平台上，寻求二者的相似性，使“科学家和神学家们作为对话的伙伴，参与到对这些论题的批判性反思之中，同时又尊重各自领域的完整性”。以此为基础，借鉴近代自然神论者的做法，进一步实现科学与神学的整合。而要实现这种整合，就要全面超越唯科学主义和基要主义（即原教旨主义）神学的极端对立，在文化层面上达成新的共识。“要恢复上帝信仰，而又要保留对自由、经验和理性的现代性承诺，在今天，只有根据后现代世界观才是可能的，而后现代世界观同时克服了关于自然和经验的现代实体性假设以及关于神力的传统有神论假设。”这样一来，后现代主义者认为，他们已基本完成了对科学与宗教关系的全面改造。“后现代世界观支持后现代科学，也受到后现代科学的支持，它的兴起为后现代神学提供了一种在其中得到认同的语境。”
由此可见，后现代主义者对科学与宗教关系的理论探讨，是有其积极意义的。一方面，它摈弃了传统观念把二者看做是“直面相对的关系”的简单做法，从科学与宗教各自意义的多元性出发，揭示了二者交互作用的历史复杂性。因为无论是科学研究活动还是宗教实践活动，都必须融入社会生活和特定的文化传统之中。另一方面，后现代主义者这种观点在否定西方文化霸权方面具有积极意义。因为“在实践中，在宗教与科学的关系上研究最多的宗教是教，在西方世界中，教与自然科学有着最为紧密的联系，对其发展有着最大的影响”。所以，后现代主义者所主张的“视域融合”等方法，对于克服在该问题上的教条主义立场，以及“基要主义”或“唯科学主义”等极端立场，是有启发意义的。
与此同时，我们必须看到，尽管后现代主义揭示了出科学与宗教关系问题的复杂性，但其所做的“泛文化”意义的处理，却有点过于“简单化”了。尤其是他们通过否定科学与宗教的关系的普遍意义来达到这个目的，的确有矫枉过正之嫌。诚然，每一种宗教都是属于特定文化传统的，但宗教体验或经验所凝聚的文化却是具有普遍意义的；同样，现代科学固然脱胎于与西方世界教为代表的宗教传统，但并不等于科学就必然地只隶属于该传统。而且，无论是作为物质力量还是作为精神力量，科学在文化上所具有的普遍意义是其他任何力量所无法比拟的。因此，后现代主义者在文化批判的意义上对科学与宗教关系所做的种种解读，只是在突出了二者作为意识形态的职能特点的同时，对这些职能进行了“工具性”处理。这种取消“普遍主义”或“普世主义”意义的作法，并没有从根本上推进问题的解决。因为即使在全球化的多元文化相互影响的当代，人类文明同样需要寻找“共识”往的基础，这种“共识”性的东西不可避免地会具有世界观意义和认识论意义。而且，在某种意义上，这正是我们要重新认识科学与宗教关系的重要原因之一。
