有人说科学是无神论的天然盟友，无神论是科学发展的推动力。笔者认为问题并没有这么简单。有一位美国的顶尖科学家告诉笔者，他同行中大约一半有宗教信仰，另一半没有宗教信仰。于是笔者问他，在有宗教信仰的科学家中会不会有内心冲突，科学知识与宗教信仰会不会互相打架？他的回答很坦诚：“有时会有，有时没有。”他说，对于大多数科学家来说，科学研究时采用的是实证的方法，其宗教信仰则涉及道德准则和生活的终极目的。因此，他们工作日做科学研究，兢兢业业观测实验数据，一丝不苟进行逻辑分析和理论推导；周末则去教堂礼拜，纯净自己的心灵。但是当科学的结论与宗教的某些教义相矛盾，当科学研究与生命伦理相冲突时，他们也会内心有纠葛。这时神学就有用武之地。神学讨论信仰、伦理与知识之间的关系。对于与科学相违背的教义，或者要加以修改，或者要通过新的诠释赋予其新的含义，使之与科学相协调。没有一种当代主流的教神学是反对科学的；宗教虽然不能说是科学的天然盟友，但至少不应成为敌人。
西方历史上确实有过宗教信仰与科学相冲突的时期，那是教会的思想禁锢和挥舞“棍棒”异议者的时期。在经历了文艺复兴、宗教改革和启蒙运动后，当今西方社会建立起了政教分离和保障学术自由的体制。教会也不得不在这种体制下生存和学会如何与科学相协调的方式。这就是为什么欧美等西方国家信教人数众多，但科学仍然发达的原因之一。
以无神论作为主导意识形态的国家是否一定科学繁荣呢？这也难以给出划一的结论，主要还是要看是否思想解放和学术自由。苏联是无神论占支配地位的国家，上世纪30年代起，在当局尤其是斯大林的直接支持下，李森科之类的学阀，在发扬唯物论、唯心论的名义下，曾把染色体-基因遗传学斥责为“为帝国主义效劳”的“唯心主义伪科学”，大批科学家还因此被流放甚至被处以死刑。这种禁止学术自由的高压政策致使后来苏联的遗传学远远落后于美国。
笔者研究神学，也研究科学方。研究神学不等于持有宗教信仰。笔者认为大学的宗教学专业有必要按照学术准则研究神学。你不了解神学，就不能全面了解宗教文化和人类思想史，即使批判它也批判不到要害上。
启蒙理性的宗教批判，对西方社会从中世纪走向现代起了重大作用。启蒙理性最主要的积极意义就是冲破中世纪神学的思想禁锢，为近代的科学发展和学术繁荣开辟道路，这就是启蒙理性今天的价值所在。但启蒙理性有没有失误呢？启蒙理性在批判宗教的时候是否忽视了道德的维度？这是值得反思的问题。人类几千年传承下来的宗教文化对维系社会道德起了至关重要的作用。在启蒙理性对宗教的批判下，是否也把伦理道德当作“洗脚水”倒掉了？为了使我们的社会更加和谐，启蒙理性有必要反思应从宗教那里学习哪些有助于道德培育方面的成果。
